原因分析
这个原因要从Mysql的表空间说起，表空间在mysql中是针对Innodb存储引擎的，分为共享表空间和独占表空间。
- 共享表空间：数据库的所有的表数据，索引文件全部放在一个文件中，默认这个共享表空间的文件路径在data目录下。 默认的文件名为:ibdata1 ，初始化为10M。
- 独占表空间：每一个表都将会生成以独立的文件方式来进行存储，每一个表都有一个.frm表描述文件和一个.ibd文件（包含数据和索引内容）。
Innodb存储引擎默认情况下将所有数据存放于ibdata1的共享表空间。随着时间的推移ibdata1会越来越大，读写性能也会随之下降。解决的办法就是让Innodb存储引擎的表使用独立表空间。
解决方法
MySQL5.6.7之后默认开启使用独立表空间。
将共享表空间转化为独立表空间有两种方法：
- 先逻辑备份(mysqldump)，然后修改配置文件my.cnf中的参数innodb_file_per_table参数为1，重启服务后将逻辑备份导入即可。
- 修改配置文件my.cnf中的参数innodb_file_per_table参数为1，重启服务后将需要修改的所有innodb表都执行一遍：alter table table_name engine=innodb;
默认路径设置（innodb_data_file_path = ibdata1:10M:autoextend）
生成文件默认是在data目录下。
多路径设置（innodb_data_file_path = /data1/db1/ibdata1:100M:autoextend; /data2/db2/ibdata2:100M:autoextend）
放在不同的磁盘，可以平均磁盘负载，提高数据库性能。
使用第二种方式修改后，原来库中的表中的数据会继续存放于ibdata1中，新建的表才会使用独立表空间。
MySQL中MyISAM与InnoDB区别及选择
InnoDB：
- 支持事务处理等
- 不加锁读取
- 支持外键
- 支持行锁
- 不支持FULLTEXT类型的索引
- 不保存表的具体行数，扫描表来计算有多少行
- DELETE 表时，是一行一行的删除
- InnoDB 把数据和索引存放在表空间里面
- 跨平台可直接拷贝使用
- InnoDB中必须包含AUTO_INCREMENT类型字段的索引
- 表格很难被压缩
MyISAM：
- 不支持事务，回滚将造成不完全回滚，不具有原子性
- 不支持外键
- 不支持外键
- 支持全文搜索
- 保存表的具体行数,不带where时，直接返回保存的行数
- DELETE 表时，先drop表，然后重建表
- MyISAM 表被存放在三个文件 。frm文件存放表格定义、 数据文件是MYD (MYData) 、 索引文件是MYI (MYIndex)
- 跨平台很难直接拷贝
- MyISAM中可以使AUTO_INCREMENT类型字段建立联合索引
- 表格可以被压缩
如何选择：
因为MyISAM相对简单所以在效率上要优于InnoDB.如果系统读多，写少。对原子性要求低。那么MyISAM最好的选择。且MyISAM恢复速度快。可直接用备份覆盖恢复。如果系统读少，写多的时候，尤其是并发写入高的时候。InnoDB就是首选了。两种类型都有自己优缺点，选择那个完全要看自己的实际类弄。